《近代诗选》（合作选注），人民文学出版社，1963年
《关汉卿戏剧集》（合作编校），人民文学出版社，1976年
《高适集校注》，上海古籍出版社，1984年
本书对高适诗文作了考证编年对集外诗文作了钩稽补遗，对伪诗作了考辨剔抉。在考清版本源流的基础上，确定底本与校本，并首次利用敦煌残卷对高集作了校勘，是正颇多，被钱玄《校勘学》一书列为民国以来“利用新资料进行校勘，而成为目前比较完善的校本的”10例之一。注释亦切实有据，多有发明。所附《高适年谱》、《高适集版本考》创获亦多。
《高适岑参诗选》（合作选注），人民文学出版社，1986年
《近代爱国诗选》（合作选注），人民文学出版社，1989年
《论语注译》，巴蜀书社，1990年
本书集中个人多年讲授和研究《论语》的成果，对《论语》全书作了注释和今译。在注释上除了注明生僻字词及人物、史实、典制、名物等具体内容之外，还多方取证，据以分析思想内容，力求做到训诂、考证和义理辨析相结合，尤其在运用材料互证，特别是以《论语》前后互证的方法，以求在准确阐明孔子思想方面做出了成绩，在古代思想著作的整理、研究方面作了新的探索。
《龚自珍诗文选》，人民文学出版社，1991年
本书精选龚自珍诗、文、词的代表作，逐篇说明写作时间、背景，简释思想、艺术，并对篇中难词、名物、制度、地理、典故及有关人物、史实作了详细注释，多有考证成果。对龚自珍作品中习用的隐喻、曲笔，则综考有关篇什，参验核证，加以揭示，力求避免龚作解释中索隐一派刻意求新、牵强附会的倾向。本书兼顾提高与普及的需要，集中了个人30余年研究龚自珍的心得，被视为龚自珍研究的新成果，因此初版不久，1993年即被人民文学出版社收入颇具影响的《中国古典文学读本丛书》再版。2004年又被人民文学出版社以《龚自珍选集》为名收入《近代文学名家诗文选刊》丛书出版。
《中国古文献学史》，中华书局，1994年
本书为中国古文献学史开创之作，对先秦至“五四”上下几千年的古文献学史作了全面的总结。全书近百万字，按历史分期，以重要的古文献学家及其著作为纲，以古文献学的成果、方法和理论为目，微观分析与宏观考察相结合，经纬分明，史论兼备。全书论及重要专题三十余个，有代表性的古文献学家上百人，对于古文献学及古文献学史均有建树，出版不久即在海内外得到积极反响。1995年获国家教委全国高校首届人文社会科学研究优秀成果著作一等奖。
《插图本中国文学小丛书·〈论语〉〈孟子〉》（合著，本人撰写《论语》部分），春风文艺出版社，1999年
《中国古文献学史简编》，高等教育出版社，2001年
本书入选“教育部研究生工作办公室推荐研究生教学用书”
《中国古文献学》，北京大学出版社，2006年
本书入选“普通高等教育‘十五’国家级规划教材”
正平版《论语集解》校点（收入《儒藏》104册），北京大学出版社，2007年
定州汉墓竹简《论语》校点（收入《儒藏》281册），北京大学出版社，2007
《中国古文献学史简编》修订本，北京大学出版社，2008年
《中国古文献学文选》（选注），江苏教育出版社，2008年
本书入选“普通高等教育‘十一五’国家级规划教材”
《论语本解》，三联书店，2009年
《关于贾谊〈新书〉真伪问题的探索》（执笔）《北京大学学报》（社科版）1962年第5期
《贾谊〈过秦论〉分篇考》 《文史》第3辑 1963年
《论高适和岑参的诗》（合撰） 《北京大学学报》（社科版）1963年第5期
《高适年谱》 《北京大学学报》（社科版）1963年第6期
《戴震与古籍整理》 《北京大学学报》（社科版）1980年第1期
《〈史记〉采用文献史料的特点》 《文献》第2辑 1980年
《古代校勘学概述》 《文献》第8、9辑1981年
《试论龚自珍的诗》 《北京大学学报》（社科版）1981年第5期
《高适集版本考》 《文献》第11辑 1982年
《顾炎武在古文献学上的成就》 《学林漫录》六集1982年
《顾炎武的〈日知录〉》 《文史知识》1982年第1期
《古代辨伪学概述》 《文献》第14、15、16辑1983年
《高适年谱诸疑考辨》 《北京大学学报》（社科版）1983年第4期
《高适集校敦煌残卷记》 《文献》第17辑1984年
《清代考据家兼思想家戴震》 《文史知识》1984年第2期
《刺向腐朽的利剑－谈龚自珍的三首讽刺诗》 《阅读与欣赏》1984
《滚动在心底的风雷－读龚自珍诗〈十月廿夜大风不寐起而书怀〉》 《阅读与欣赏》古典文学部分（九）1984年
《汉代的经今古文学》 《文献》1985年第2期
《汉代的纬学和纬书》 《文献》1985年第4期
《王充与辨伪》 《北京大学学报》1985年第5期
《我国古文献学的开拓者孔子》 《古籍整理与研究》创刊号1986 年
《论龚自珍的个性解放思想》 《中国文化与哲学》1987年号
《颜之推在古文献学上的成就》 《古籍研究》第5期 1987年
《方以智与古文献学》 《北京大学学报》（社科版）1987年第5期
《朱熹与古文献学》 《古籍整理与研究》第3期 1988年
《论〈文选〉的李善注和五臣注》 《〈昭明文选〉国际学术讨论会论文集》1988
《刘知几在古文献学上的成就》 《文献》1988年第4期
《王念孙王引之在古文献学上的成就》 《古籍整理与研究》第5期 1988年
《高适〈燕歌行〉》 《历代名篇赏析集成》（上）1988年
《姚际恒在古文献学上的成就》 香港《中华国学》创刊号 1989年
《试论龚自珍的古文献学思想和成就》 《古代文献研究集林》第1集 1989年
《章学诚的古文献学思想和成就》 《北京大学学报》（社科版）1989年第5期
《〈水经注〉的历史地理考证成就》 《中国历史地理论丛》1990年第3辑
《董仲舒与古文献学－兼谈经今文学在古文献学上的特点》 《学林漫录》第十三集 1991
《汉末魏晋时期〈汉书〉注家考略》 《历史文献研究》（北京新二辑）1991年
《论王守仁的古文献学思想》 《古籍整理研究学刊》1991年第2期
《从古文献学看宋代思想文化的基本特征》 《国际宋代文化研讨会论文集》1991年
《论龚自珍诗文的讽刺艺术》 台湾《中国国学》第21期1993年
《关于中国古代文献与古文献学史》 《社科纵横》1994年第1期
《论孔子思想及其影响》 《中国典籍与文化论丛》第3辑1995·12
《宋诗整理随札记》《历史文献研究》（北京新八集） 1997·8
《古籍整理与古文献学》 《海峡两岸古籍整理研究学术研讨会论文集》1998年
《〈四部要籍注疏丛刊·论语〉前言》 中华书局《四部要籍注疏丛刊》1998·12
《〈全宋诗〉后记》《全宋诗》第72册 1998·12
《龚自珍》 《中华文明之光》（论文版）第三辑1999·1
《梁启超的〈中国近三百年学术史〉》《文史知识》 1999·1
《论传统义理之学》 《98 汉学研究国际会议论文集》1999·7
《〈论语〉的成书流传和整理》 《北京大学古文献研究所集刊》（1） 1999·12
《李珍华教授的〈王昌龄研究〉》 《北京大学古文献研究中心集刊》（2） 2001·4
《也谈清代考据学兴盛的原因》《第七届清代学术研讨会论文集》（高雄中山大学）2002·6
《关于宋代学术文化研究的一点思考》 《北京大学中国古文献学中心集刊》（3） 2002
《清代训诂学对“因声求义”方法的继承与发展》《北京大学中国古文献学中心集刊》（4）2004
《关于清代考据学》 《炎黄文化研究》（1）2004年
《清代考据学的分期与派别》 《中国文化研究》2004年春之卷
《古文献学及其意义与展望》 《南昌大学学报》人文社科版2005（2）
《清代版本学的成就》《北京大学中国古文献学中心集刊》（5）2005年
《〈春秋〉三传中有关孔子史料的文献价值》《北京大学中国古文献学中心集刊》（5）2005年
《古文献学的内涵与意义》 《江西社会科学》2006（8）
《立足现代编好〈儒藏〉》 《北京大学学报》哲学社科版 2006（2）
《定州汉墓竹简〈论语〉校勘指瑕》 《文献》2007年第二期
《〈儒藏〉编纂学术谈》 《儒家典籍与思想研究》第一辑 2009·1
